在禽禽類和哺乳動物之間有明顯的解剖學(xué)和生理學(xué)差異，因此藥物吸收、分布和排出（代謝和排泄）的速度和程度都有所不同。雖然治療家禽細菌性疾病的一般性原則類似于哺乳動物的藥物治療，但重大的解剖學(xué)和生理學(xué)差異對治療方法有影響。所以給禽類用藥不能根據(jù)為哺乳動物物種建立的給藥方案簡單地推斷。
有關(guān)用藥的比較解剖學(xué)和生理學(xué)胃腸道系統(tǒng)是鳥類（食谷和食肉物種）之間主要的差異器官。每種鳥類（即家禽、獵鳥和觀賞鳥）都有一些差異特征，其中一些造成藥物代謝方式上的差異。根據(jù)食物類型和喂養(yǎng)方法的不同，可能觀察到不同物種的每一部分消化系統(tǒng)中都存在差異。下面是對給家禽用藥和藥物在家禽體內(nèi)發(fā)生作用涉及的一些解剖學(xué)和生理學(xué)特征的評論。
食道和嗉囊
在禽食道連接咽與腺胃。與哺乳動物不同，禽的食道被分為頸部食道和胸部食道。在很多但不是所有禽類中，頸部食道延伸至嗉囊。嗉囊是一個儲存器官，也起到軟化飼料的作用。因為嗉囊有角質(zhì)化的上皮，這部分消化道一般很少或不吸收藥物。但是口服藥物的可用度和吸收可能受到嗉囊的菌群和pH的影響。嗉囊的pH約為6。因此添加到飲水中的一些藥物可能在嗉囊中沉淀，導(dǎo)致運送延遲和吸收不良，如四環(huán)素的情況。另外，在嗉囊中存在的乳酸菌菌群可滅活大環(huán)內(nèi)酯類抗生素。根據(jù)飼料的稠度，雞嗉囊的清空需要3-24小時。這對口服藥物的吸收模式有很大的影響。
胃（腺胃和肌胃）
在禽胃被分為三部分。最靠近啄的部分是真胃或腺胃。然后是被稱作中間區(qū)的第二部分和第三部分，即肌胃或砂囊。胃腺細胞分泌胃蛋白酶原（蛋白水解酶原）和鹽酸。由于胃內(nèi)容物的強酸成分，一些弱堿藥物可能被滅活（例如青霉素G和紅霉素）。攝取的多數(shù)溶液性藥物很快通過嗉囊和胃，在幾分鐘內(nèi)進入腸道。堿性的胰液中和源于肌胃的酸性物質(zhì)并在腸道進行吸收。
腸道（小腸、盲腸、大腸和泄殖腔）
在禽如同在哺乳動物中一樣，禽類中的吸收主要發(fā)生在十二指腸和上空腸。小腸中的快速運送和消化道遠端部分的有限發(fā)展（為了適應(yīng)飛翔）使未與飼料一起留在嗉囊中的那些藥物在約5-6小時的短時間內(nèi)通過雞消化道的原因。各種鳥類中存在的細菌正常菌群可有很大的不同。鴕鳥中的正常菌群是多樣化和重要的，定
植在整個胃腸道中；雞盲腸中的正常菌群較豐富；鴿子中的正常菌群很少。大多數(shù)鳥類嗉囊中的本土的腸道正常菌群可通過水解或還原性質(zhì)的代謝轉(zhuǎn)化滅活某些藥物。除了腸道的生物轉(zhuǎn)化，存在或不存在腸道外排泵系統(tǒng)（去除腸上皮細胞中的四環(huán)素、大環(huán)內(nèi)酯類抗生素、喹諾酮類等某些抗生素的主動運輸系統(tǒng)）也可對口服藥物的生物利用度有重要影響。
肝臟系統(tǒng)
在禽一種藥物在不同物種（有時甚至在一個物種的不同品系）中的代謝有所不同，因為代謝和排泄之間的關(guān)系由基礎(chǔ)代謝和遺傳因素所決定。與哺乳動物相比，據(jù)說代謝在代謝率和體溫較高的禽類中有較大的作用。在不同動物物種中的藥物代謝一般顯示相似的路徑，但生物轉(zhuǎn)化率由于催化性能的很大差異而大為不同。報道了鳥類中的生物轉(zhuǎn)化階段I（氧化、還原和水解作用）和階段II（共軛）反應(yīng)，但某些藥物在禽類中的路徑可能完全不同。禽細胞色素P450酶的形式幾乎均未被充分描述過。至于雁形目（鴨子和鵝）及雞形目（雞和火雞）中的階段II反應(yīng)，鳥氨酸反應(yīng)（從氨中產(chǎn)生尿素）比葡萄糖醛酸化途徑更重要（階段II代謝中的路徑導(dǎo)致藥物共軛）。相比之下，在鴿子中似乎缺少鳥氨酸共軛，而以甘氨酸共軛為主。
腎臟系統(tǒng)
在禽禽的皮質(zhì)包含兩類腎元，一類是沒有亨利氏袢的爬蟲類腎元，另一類是像哺乳動物腎臟的腎元，含界限清楚的亨利氏袢。一般來說，禽類比同樣體重的哺乳動物有較低的腎小球濾過率，并且如果該濾過率在哺乳動物中是不變的，它在禽類中卻是間歇式的。不清楚禽小管細胞分泌藥物的能力；然而，多數(shù)廢物（85-
95%的尿素）是通過分泌排除的。腎小管濾出液中的藥物通過擴散被再吸收，藥物的再吸收量和再吸收率與濾出液中的藥物濃度成比例，也取決于藥物的離子化程度。禽腎濃縮尿的能力有限，平均的尿液-血漿滲透壓約為2。母禽尿的pH為4.7-8.0（取決于產(chǎn)蛋的階段），公禽尿的pH約為6.4。腎臟包含為禽體較低區(qū)域
排液的腎門脈系統(tǒng)。門脈為腎小管周圍毛細血管供血，因此將青霉素等會主動分泌的藥物注射入后肢后可在進入體循環(huán)之前先去腎小管。
呼吸系統(tǒng)
在禽與哺乳動物的肺臟相比，禽的肺臟在體重中的占比較小。不像哺乳動物的肺臟，禽的肺臟相對僵硬，在呼吸循環(huán)中的體積不變。噴霧給藥的全身利用度較低。
在禽即使在最佳的條件下，肺臟結(jié)構(gòu)的解剖差異和病禽在治療中缺乏身體活動意味著藥物僅能達到20%的肺組織，而不能達到大部分氣囊。為了提高藥物在肺臟和氣囊中的水平，顆粒應(yīng)該在1-3μm之間。在雞中，3-7μm的霧化顆粒一般沉淀在鼻腔和氣管的粘膜表面上。也可通過氣管內(nèi)的應(yīng)用在技術(shù)上獲得呼吸道中的藥物治療水平；但這在家禽中被認為是不現(xiàn)實的。
抗菌藥物的藥理學(xué)特性
在禽至于抗菌藥物，包括作用方式和動力學(xué)曲線之內(nèi)的藥理學(xué)特性信息可幫助獸醫(yī)選擇針對特定病原體的最好獸藥。
藥效特性
在禽抗生素藥效學(xué)這個術(shù)語包括感染部位的藥物濃度和抗菌效果。有關(guān)具體藥物的藥效特性知識使臨床醫(yī)生能夠確定最適當(dāng)?shù)慕o藥方案。一般來說，可根據(jù)抗菌藥物的一般特性，例如其作用方式（即殺菌或抑菌），及其濃度和/或時間同時依賴作用（即殺菌作用的類型），劃分抗生素。例如，氨基糖苷類，氟喹諾酮類和多粘菌素類是濃度依賴型的，而大多數(shù)β-內(nèi)酰胺類藥、大環(huán)內(nèi)酯類、林可酰胺類、氯霉素類、磺胺類和二氨基嘧啶類是濃度和時間依賴型的。同時依賴型抗菌藥物既依賴暴露的時間也依賴藥物濃度的持續(xù)。然而，濃度和時間依賴作用機制之間的區(qū)別不是絕對的。抑制生長所需的一種抗生素的最低濃度（最低抑制濃度MIC）有別于殺死一種微生物所需的最低濃度（最低殺菌濃度MBC）。最廣泛使用的功效和效力指標是最低抑制濃度。在根據(jù)足夠數(shù)量菌株的敏感微生物種確定了最低抑制濃度后即可確定MIC50 和MIC90值的中位數(shù)或幾何平均數(shù)。然后可能用一個或更多指標通過藥物動力學(xué)/藥效學(xué)集成數(shù)據(jù)得到臨時劑量：觀察到的最大濃度(Cmax)：MIC90比率（對于一些濃度依賴型藥物類別）；濃度-時間曲線下的面積（AUC：MIC90)比率（對于多數(shù)濃度和共同依賴型藥物，例如氟喹諾酮類，大環(huán)內(nèi)酯類和四環(huán)素類）；以及在給藥間隔期間MIC90以上的時間百分比T（T>MIC90）。后者是血漿 /血清濃度超過MIC90的劑量間間隔的比例，被表達為劑量間間隔百分比。有一些是這些指標建議數(shù)值的科學(xué)數(shù)據(jù)（例如氨基糖苷類的Cmax：MIC90≥10:1；氟喹諾酮類的AUC：MIC90比率≥125小時；β-內(nèi)酰胺類的T>MIC90≥50%）。這些數(shù)值事實上構(gòu)成了臨床有效劑量的指南。
藥代動力學(xué)特征
在禽藥代動力學(xué)將藥物濃度隨時間在身體中的變化量化為所施用藥物的一種功能。一般來說，它根據(jù)數(shù)學(xué)模型計算血清/血漿濃度-時間數(shù)據(jù)，進一步提供有關(guān)藥物吸收、分布、代謝和排泄及其代謝物的數(shù)據(jù)。然而，必須考慮與家禽產(chǎn)品中的殘留有關(guān)的血漿和組織藥物藥代動力學(xué)。藥代動力學(xué)也受藥物親脂性的影響。
相關(guān)的藥代動力學(xué)參數(shù)是與特定時間的藥物濃度和當(dāng)時體內(nèi)的藥物量相關(guān)的分布體積、觀察到的最大濃度、觀察到最大濃度的時間、消除半衰期、清除率和濃度曲線下面積。蛋白結(jié)合到血漿的程度和感染部位抗菌藥物的濃度是重要的。與各種解剖和生理特征一樣，藥代動力學(xué)參數(shù)在不同種類的鳥之間可不同。從殘留的角度出發(fā)，重要的藥代動力學(xué)變量是觀察到的最大濃度、觀察到最大濃度的時間、濃度-時間曲線下面積、吸收半衰期、終端半衰期和可用度。參數(shù)、清除率、分布體積和半衰期對于組織殘留也有特殊的重要性。就一種特定的劑量而言，假如全部清除率高，濃度-時間曲線下面積就會低，當(dāng)血漿中濃度-時間曲線下面積與組織濃度有關(guān)時（盡管以復(fù)合的方式），就會影響殘留。清除率是確定劑量的藥代動力學(xué)參數(shù)。另一方面，終端半衰期決定劑量之間的間隔。
家禽和哺乳動物不同，對家禽進行藥物治療時，除了上述解剖學(xué)因素外，還要考慮疾病的嚴重性（顯示臨床癥狀的禽的比例；對禽生產(chǎn)性能的影響；飼料轉(zhuǎn)化率、增重和生長一致性、淘汰率；以及死亡率）、藥物治療的成本、生產(chǎn)成本、禽的價值（種禽相對于肉禽）、家禽的年齡（距屠宰還有多長時間）等因素。要嚴格遵守停藥時間的義務(wù)，也要避免長期大量使用抗生素。